Tupakka sisältää haitallisia kemikaaleja, jotka vähentävät verenkiertoa elimistössä. Tupakka on myrkyllistä kehon ääreisosille, kuten munasarjoille ja kiveksille. Tytöt, joiden äidit tupakoivat raskausaikana, saavuttavat sukukypsyyden aiemmin. Aikainen kuukautisten alkaminen yhdistetään mm. suurempaan riskiin sairastua kohtu- ja rintasyöpään. Tupakoiva äiti altistaa lapsensa terveysvaaroille ja hedelmättömyydelle jo ennen syntymäänsä.

Tupakan myrkyt heikentävät siemennestettä kaikilla tavoilla. Tupakointi vähentää siittiöiden tuotantoa ja liikkuvuutta sekä lisää niiden epämuodostumia. Siittiöiden kyky hedelmöittää munasolu heikentyy. Tupakoijan siittiöllä hedelmöittyneellä munasolulla on vaikeuksia kiinnittyä kohtuun. Tupakka aiheuttaa mutaatioita siittiöiden perimässä eli DNA:ssa.

Tupakointi heikentää naisen normaalia hormonitoimintaa, FSH-taso (follikkelia stimuloiva hormoni) nousee ja estrogeenin tuotanto häiriintyy. Tupakan ainesosia on löytynyt munasarjojen follikkelinesteestä, mikä tarkoittaa että munasolut marinoituvat myrkyssä. Tupakka voi aiheuttaa geneettisiä muutoksia myös munasoluissa. Tupakointi vähentää munasarjojen toimintaa ja heikentää munasolureserviä. Tupakan haitalliset kemikaalit voivat vaikeuttaa munasolun ja alkion kulkeutumista munatorvissa, jolloin myös kohdun ulkopuolisen raskauden mahdollisuus kasvaa. Tupakan ainesosat vaikuttavat tuhoisasti munasolujen kypsymiseen ja näin ollen heikentää mahdollisten IVF-hoitojen tuloksia. Tupakointi vaikuttaa kohdun limakalvoon, mikä vaikeuttaa merkittävästi kohdun kykyä ottaa vastaan hedelmöittynyt munasolu. Tupakointi lisää keskenmenon riskiä. Luovutetuilla munasoluilla tehdyt hoidot epäonnistuivat useammin, kun alkio siirretään tupakoivan naisen kohtuun.

Naisen ja miehen hedelmällisyys voi vaurioitua jo pienestäkin alkoholimäärästä, sillä turvallista rajaa ei tiedetä. Alkoholi on haitallista kaikille soluille, mutta siitä on monenlaista haittaa erityisesti juuri arvokkaille sukusoluille.

Alkoholin vaikutuksia ei pidetä niinkään hedelmöittymiseen vaikuttavina tekijöinä. On kuitenkin todettu, että alkoholin väärinkäyttö vaikuttaa heikentävästi siittiöiden muotoon, tuotantoon ja liikkuvuuteen. Alkoholi vaikuttaa naisella hormonitasapainoon ja sitä kautta voi vaikuttaa ovulaatioon, alkion kehitykseen, kohdun limakalvoon ja aiheuttaa keskenmenoja. On vaikea määritellä missä kulkee hedelmällisyyden kannalta haitallisen alkoholimäärän raja.

Alkoholi vaikuttaa myös kykyysi tehdä hyviä valintoja. Tämä lisää riskiä seksitaudeille ja ei-toivotuille raskauksille, mikä puolestaan voi vaikuttaa hedelmällisyyteen myöhemmin. Alkoholi on sikiötoksinen aine, eli se aiheuttaa sikiövaurioita.

Huumeiden vaikutuksista hedelmällisyyteen tiedetään hyvin vähän, koska sitä on hyvin vaikea tutkia. Tiedossa on kuitenkin muutamia tosiasioita. Kokaiini ja opiaatit, kuten metadoni ja heroiini, heikentävät miehen ja naisen seksuaalista kyvykkyyttä ja hedelmällisyyttä.

Kannabisreseptoreita sijaitsee munasarjoissa, kohdussa ja kiveksissä. Säännöllinen kannabiksen käyttö haittaa hedelmällisyyttä. Kannabis vähentää naisilla luteinisoivan hormonin tuotantoa, mikä vaikuttaa hedelmöittymiseen, munatorvien toimintaan, sekä sikiön ja istukan kehittymiseen. Kannabis vähentää testosteronin muodostusta, mikä mm. vähentää siittiöiden liikkuvuutta. Raskausajan käyttö on yhteydessä lapsen pieneen syntymäpainoon, ennenaikaisuuteen, sikiön epämuodostumiin ja sikiökuolemiin.

Lihasmassan nopeaan kasvuun tarkoitetut anaboliset steroidit ovat vaarallisia miehen ja naisen hedelmällisyydelle. Steroidit alentavat testosteronin määrää, siittiöiden lukumäärää, ja liikkuvuutta. Steroidien käyttö aiheuttaa erektiohäiriöitä. Anabolisten steroidien käytön haitat voivat kestää yli vuoden lopettamisesta ennen kuin hedelmällisyys palautuu. Steroidien aiheuttamat vahingot voivat myös olla pysyviä.