Pajari sotasairaalassa. Kuva: Tampereen reserviupseeripiirin kokoelma.

Talvisodan aikana Pajari toimi rykmentinkomentajana sotarintamalla. Hänen johdollaan JR16 lähti Karjalan metsäseudun erämaihin. Talvisodan vaikeissa tilanteissa Pajarista tuli legendaarinen komentaja, johon miehet luottivat. Hänkin luotti joukkoihinsa ja on kirjoittanut heistä: "Hämäläinen sotilas on ehdottoman luotettava ja uskollinen kuolemaan saakka. Hänen ruumiillinen ja henkinen kestävyytensä taistelussa on kerta kaikkiaan murtumaton."

Jatkosotaan Pajari lähti divisioonankomentajana. Hänestä tuli Mannerheim-ristin ritari elokuussa 1941 Sodan loppupuolelle asti hän sai toimia suoraan ihailemansa ylipäällikön komennossa. Jatkosodan puhjetessa komentajilla oli käytettävissä sekä koulutetut joukot, että sotamateriaalia toisin kuin talvisodan epätoivoisina aikoina. Se antoi mahdollisuuden laajamittaisten sotatoimien suunnitteluun ja toteutukseen, ja Pajarille tilaisuuden käyttää koko persoonallisuuttaan taistelutehtävissä. Kokemuksen ja mielikuvituksen yhdistelmä oli hyödyksi erikoistilanteissa. Hän saattoi kirjoittaa käskynsä ruskealle paperinlapulle ja lähettää sen heti. Hän valitsi huolella läheiset miehensä, eikä pitkiä selityksiä tarvittu.

Pajari piti uskontoa tärkeänä osana taistelukäytäntöä ja puhui monessa hautaustilaisuudessa. Taisteluun lähdettäessä pidettiin aina hartaushetki. Kun Pajarin divisioonan pastoriksi valitsema ja kauan tuntema Paavo Viljanen ei kerran ollut paikalla, piti Pajari itse kenttähartauden.

Tavanomaisesta poikkeavat menettelytavat ja käytös antoivat aihetta moniin kaskuihin ja sanontoihin. "Pajari, perkele, suoritti onnistuneen leijonajahdin Kannaksella!" Hänen omaa huumoriaan ja myös tiettyä teatraalisuutta kuvaa tapaus elokuulta 1941, kun uusi sota innosti korvaamaan talvisodan menetykset. Divisioonan ollessa Mainilan lähistöllä, Pajari otti esille Molotovin talvisodan syyksi ottaneet "Mainilan laukaukset". Hän valitsi seitsemän kranaattia, joiden kylkeen maalattiin tekstit: Mainila 1, Mainila 2, jne. Sitten kranaatit ammuttiin. Valokuvaajat ja elokuvakamera taltioivat tapahtuman.

Asemasotavaiheen yksitoikkoisuutta torjuttaessa Pajari osallistui viihdytystoimintaan ja armeijan seuraelämään. Urheilua hän kuitenkin piti etusijalla, ja divisioona kunnostui monissa kilpailuissa. Sodan loppupuolella komentaja joutui jättämään 18:nnen divisioonan miehet, joihin hän oli kiintynyt, ja joista monet ihailivat häntä. Joukkueenjohtajina toimineet "Pajarin miehet" päättivät kokoontua muistelemaan häntä säännöllisesti loppuelämänsä.

Armeijan uudelleenjärjestelyissä vuoden 1944 lopulla Pajari sai johdettavakseen 3. divisioonan, joka toimi Maaselän kannaksella alistettuna asianomaisen armeijan komentajalle. Pajari vetosi ylipäällikköön. Komentosuhteet jäivät ennalleen, mutta operatiivisesti divisioona katsottiin kuuluvan Mannerheimin reserviin. Uudella rintamalohkolla Pajari joului paljon tekemisiin saksalaisten erikoisjoukkojen kanssa. Hän solmi ystävyyssuhteita ja korosti usein puheissaan aseveljeyden merkitystä.

Mannerheimin toivomuksesta Pajari osallistui vielä Lapin sotaan syksyllä 1944. Hän johti divisioonaa, joka suoritti yllätyksellisen ja onnistuneen Tornion maihinnousun. Kun Rovaniemi oli vallattu 17. lokakuuta, jatkoi divisioona taistellen saksalaisten joukkojen takaa-ajoa.Pajarille myönnettiin Mannerheim-risti toisen kerran päivämäärällä 16.10. 1944. Vain neljä sotilasta koko Suomessa sai tämän kunniamerkin kahdesti.

Viisi päivää kunniamerkin myöntämisen jälkeen Pajari sai kutsun päämajaan pidätettäväksi sotarikoksista. Ne koskivat vankien huonoa kohtelua ja surmauttamismääräystä Itä-Karjalassa olevalla leirillä, ja osoittautuivat myöhemmin epämääräisiksi. Pajari ei halunnut käyttää auki olevaa pakotietä Ruotsiin, vaan noudatti käskyä. Kaksi päivää hän oli presidentiksi valitun ylipäällikön vieraana, ja vietiin sitten vangittuna Riihimäelle. Siellä hänen terveytensä petti. Jo keväällä 1938 hän oli sairastanut sepelvaltimotukoksen, ja joutui jatkuvasti käyttämään lääkkeitä sydämen vajaatoiminnan vuoksi. Myös hänen kuulonsa oli huonontunut. Tiukasti vartioituna hänet vietiin Tilkan sotilassairaalaan. Potilas oli huolissaan perheen toimeentulosta ja vielä pienten lasten kohtalosta.

Tammikuun alussa 1945 Suomessa valvontakomissio ilmoitti, ettei sillä ollut rangaistusvaatimusta ja Pajari sai määräyksen Savo-Karjalan sotilasläänin komentajaksi Kuopioon. Hän joutui kuitenkin pian sairaslomalle ja palasi perheensä luo Tampereelle. Syksyllä hän sai jäädä kaupunkiin suorittamaan Pääesikunnan erityistehtäviä.